Título: Preparación rápida de ADN en un
solo tubo a partir de bacterias para flujos de trabajo NGS
Duración: 1 hora
La secuenciación completa del genoma de microbios es una
herramienta poderosa para estudios genómicos, comparación, estudios de mapeo,
identificación microbiana y construcción de genomas de referencia. Los
datos de secuenciación de alta resolución son vitales para:
- Sistemática
microbiana, construcción de genomas de referencia y mapeo de genomas
novedosos.
- Comprender
la dinámica temporal y espacial de epidemias, patogénesis, coevolución del
huésped y patógenos.
- Transferencia
horizontal de genes y transmisión de resistencia a antibióticos en una
población.
- Estudios
mutacionales utilizando evolución dirigida de recombinantes.
- Comprender
la fisiología y las vías metabólicas de los organismos.
El paso limitante en los estudios de secuenciación es el
proceso de extracción de ácido nucleico. Los métodos actualmente
disponibles de extracción de ADN de bacterias son largos y laboriosos y son
susceptibles a la contaminación cruzada. En este seminario web, los
oradores discutirán un método novedoso para extraer ADN de cultivos
bacterianos. El sistema PDQeX, desarrollado por MicroGEM, aprovecha las
actividades de una gama de enzimas aisladas de los extremófilos junto con
plásticos termo-sensibles para extraer ADN de las muestras sin el uso de
centrifugación o solventes fuertes. El protocolo toma una fracción del
tiempo de los métodos existentes sin el riesgo de contaminación cruzada. El
ADN preparado puede usarse directamente en flujos de trabajo de secuenciación
del genoma completo sin ninguna purificación adicional.
Jo Stanton y David Saul discutirán su reciente estudio que
muestra la calidad de secuencia obtenida del ADN extraído utilizando el
protocolo rápido PDQeX y cómo se compara con otras metodologías
existentes. Se discutirán las ventajas de esta química impulsada por
enzimas y lo que la hace deseable para los estudios de secuenciación. Los
oradores compartirán ideas sobre el trabajo futuro en tecnologías de
secuenciación emergentes, particularmente la secuenciación de lectura larga.
Oradores
Jo Stanton PhD
Senior Research Fellow, Departamento de Anatomía
Universidad de Otago (Nueva Zelanda)
Senior Research Fellow, Departamento de Anatomía
Universidad de Otago (Nueva Zelanda)
Jo utiliza tecnologías basadas en ácido nucleico para
explorar una variedad de intereses científicos relacionados con enfermedades
infecciosas, reproducción, microbioma, antropología y medicina
forense. Dirige un equipo de científicos interdisciplinarios de la academia
y la industria para desarrollar dispositivos y sistemas de diagnóstico
molecular de mano rápidos, precisos y rentables para aplicaciones en el campo y
en el punto de atención.
Jo es uno de los expertos de Nueva Zelanda en tecnologías de
secuenciación de alto rendimiento, habiendo establecido los primeros Servicios
HTS de Nueva Zelanda completamente operativos basados en el 454 Roche GS
FLX. Este servicio se expandió para incluir la plataforma SOLiD de Life
Technologies (CA, EE. UU.). Actualmente trabaja con la tecnología MinION
de Oxford Nanopore (Reino Unido) y el Extractor de ácido nucleico PDQeX de
MicroGEM (Reino Unido) para adaptar su uso en situaciones de campo y en el
punto de atención.
Jo recibió una licenciatura (con honores) de la Universidad
Nacional de Australia (ACT, Australia) y un doctorado de la Universidad de
Australia Occidental (WA, Australia).
David Saul PhD
Director Científico (enzimas y reactivos)
MicroGEM
Director Científico (enzimas y reactivos)
MicroGEM
La experiencia en investigación de David abarca genética
molecular, microbiología, biotecnología, biología computacional y análisis
forense de ADN. Su interés de investigación clave ha sido el desarrollo de
aplicaciones biotécnicas de microorganismos que viven en ambientes
extremos. Con un enfoque en la detección e identificación de ADN, David ha
generado un cuerpo sustancial de propiedad intelectual en torno a procesos y
dispositivos para diagnósticos simples, de bajo costo y competitivos.
Antes de cofundar ZyGEM (ahora MicroGEM), David trabajó como
investigador y académico en la Universidad de Auckland (Nueva Zelanda). Ha
trabajado en varios campos relacionados con el estudio molecular de organismos
y sus genes. Se graduó con un doctorado en genética molecular de la
Universidad de Sheffield (Reino Unido).
No hay comentarios:
Publicar un comentario