BIOQUIMICA completa base de datos

Base de datos de reacciones bioquímicas
La reconstrucción sistemática, completa y correcta de las redes metabólicas escala del genoma o de las vías metabólicas es una de las tareas más difíciles en la investigación de la biología de sistemas. Un requisito esencial es el acceso al conocimiento bioquímico completo - sobre todo en las reacciones bioquímicas. Este conocimiento se extrae de la literatura científica y se recoge en las bases de datos biológicos. Dado que las bases de datos disponibles difieren en el número de reacciones bioquímicas y la anotación de las reacciones, una fuente de conocimiento integrado sería de gran valor.
Resultados

 Hemos desarrollado una completa base de datos no redundante de reacción que contiene conoce reacciones catalizadas por enzimas y espontánea. En la actualidad, cuenta con 18.172 reacciones bioquímicas únicas. Como bases de datos fuente de las bases de datos bioquímicos BRENDA, KEGG, y MetaCyc fueron utilizados. Las reacciones de estas bases de datos fueron agrupadas e integrados mediante la alineación de sustratos y productos. En este último caso la comparación de dos pasos con sus estructuras (a través de InChIs) y los nombres se realizó. Cada reacción bioquímica da como una ecuación de reacción que se produce en al menos una de las bases de datos se incluyó.

  Conclusiones

  Un sistema integrado de base de datos no redundante reacción ha sido desarrollado y está disponible para los usuarios. La base de datos de manera significativa, puede facilitar y acelerar la construcción de modelos precisos bioquímicos.

Tomado de

BKM-react, an integrated biochemical reaction database

Maren Lang , Michael Stelzer and Dietmar Schomburg

BMC Biochemistry 2011, 12:42doi:10.1186/1471-2091-12-42
http://www.biomedcentral.com/1471-2091/12/42/abstract